但几家大型制药企业对于这第三篇指南并不满意，呼吁 FDA 对指南进行修订，以提供更加清晰的指导。具体来说，辉瑞、葛兰素史克（GSK）和杨森都不约而同地各自呼吁 FDA 更明确地说明草案中的一些新概念和术语应如何定义，之前的 PFDD 指南中并没有使用这些新概念和术语，也没有给出定义。
GSK 以患者为中心的结局高级总监 Linda Nelsen 在反馈意见中写道，“这些新引入的概念并没有足够清晰的定义，为什么建议这些概念用于临床试验结局评价（COA），以及如何将这些概念用于评估 COA 的适当性，为解释留下了很大空间。”
辉瑞全球监管政策与情报高级总监 Richard Jahn 补充指出，“在没有更多背景和示例的情况下，对于申办人而言，了解如何有效地将这些新考虑因素纳入其开发计划将非常有挑战，因此，请考虑包括更多背景和示例。”
Genentech 美国监管政策负责人 Rasika Kalamegham 指出，虽然有些概念很复杂，而且可能使用不止一种类型的 COA 来评估概念的不同方面，但“我们发现指南在这一点上不一致”，并呼吁进一步明确“不同测量类型配对或组合的策略”，因为随着申办人解决未满足的测量需求，并更全面地了解患者体验，这些策略将变得越来越重要。
再生元监管事务副总裁 Edward Cox 同样指出，虽然指南草案包括对儿科人群的特殊考虑，但“缺乏对罕见病药物开发中 COA 的选择、开发、有效性测试和调整的指导。指南包含一节关于罕见病特别注意事项的内容可能会有帮助，尤其是针对超罕见疾病，类似于为儿科人群提供的详细指导。”
勃林格殷格翰（BI）监管事务副总裁 Kathleen Collins 则呼吁 FDA 提出一些更详细的建议，以解决当今肿瘤临床研究中可管理的肿瘤和/或罕见疾病。她补充表示，FDA 应该提醒利益相关者不要试图从头开始研究许多 COA，“在某些时候应承认每种疾病都有组织已经或正在开发 COA 来支持研究和临床试验。”
杨森副总裁 Pauline McNulty 还指出，FDA 应努力让第三份 PFDD 指南草案与第四份指南草案保持一致，第四份指南草案主要内容将是把 COA 纳入监管决策。这两份指南是相互关联的。“我们注意到，如果同时发布第三份和第四份指南草案供征求意见，将会很有帮助。指南 3 是关于方法，而指南 4 是关于为监管决策收集和分析 COA 数据的方法、标准和技术，因此两份指南之间可能存在联系。申办人收集和分析 COA 数据的方式可能会受到开发 COA 方法的影响，反之亦然。应考虑这些潜在联系。”
她还呼吁 FDA 在症状和功能、严重程度评分和能力评分方面添加更多具体示例，以使利益相关者更好地理解 FDA 的具体建议。
