监管机构认识到，开展同步药品研发计划存在固有的局限性和挑战。有关管理和资助研究（赞助）等方面的法律和法规问题，以及欧盟和美国儿科奖励/激励措施的资格，都需要具体案例具体分析。关于戈谢病的战略协作路径，建议在研发计划中使用新路径的研发商分别从 EMA 或 FDA 寻求科学建议，或要求来自两个监管机构的平行科学建议。两个监管机构表示，新文件不应被解释为正式指南。
EFPIA 表达的另外一个需要考虑到重要问题是：当采用多产品、多公司研究时，将会预期 PIP 申请人根据具体药品/作用机制在儿科患者中开发额外的临床研究，还是 EMA 的儿科委员会将会不需要/免除额外研究？“多产品、多公司研发项目可能确实会去除围绕多项研究竞争相同儿科患者资格群体的一些限制。然而，这样一个计划本质上并不能满足大部分未满足的医疗需求。”
虽然问题仍然存在，但 EFPIA 表示，“欢迎继续用于各种疾病研究的平台、篮式和其它类型的新的更加协作的试验类型和设计。”这些将在欧盟公私合作伙伴关系框架（创新药品倡议）内以及全球研发负责人的支持下，在新的大规模试点中考虑。“这也符合最近修订的 ICH E11 指南补充，促进创新研究设计的使用。”
戈谢病战略协作
对于新发布的战略协作路径，EMA 和 FDA 讨论了提高戈谢病（一种罕见的溶酶体贮积病）药品研发效率的可能途径。文件指出，戈谢病被用为一种疾病模式，并澄清文件中的原则可能会扩展到其它罕见疾病药物研发领域。此外，文件规定，可能会提出不同的方法，申请人应该论证每个新战略的具体选择。“由于欧洲和美国的监管要求存在差异，尤其是关于从成人到儿童的有效性外推，可能需要额外的试验来支持申请批准。”
文件发布，重点介绍了戈谢病（Gaucher disease）的药物开发，但其基本原则可适用于其它儿童罕见疾病。EMA 解释指出，通过在单一试验中检测由不同公司研发药品的安全性和有效性（所谓的多臂、多公司临床试验），相同的控制组将用于比较不止一种正在评估的药品。这将有助于药品的临床检测，并减少在试验中包括的儿童总数量。